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在蛋白質編碼過程中，某一物種或某一類基因往往傾向于使用某些特定的同義密碼子，這種現象稱為同義密碼子的使用偏性。生物界中廣泛存在著同義密碼子的非均衡實用現象。分析不同物種的密碼子用法，可為預測新基因，判斷基因表達水平及基因水平轉移提供參考。植物病害可給農業生產造成巨大損失，嚴重制約了農業生產。篩選和培育抗病品種是防治植物病害最為經濟、安全和有效的方法。由于人們對植物 - 病原物相互作用機制認識的匱乏、植物抗病性的復雜性及常規育種本身的局限性，抗病育種一直是農業生產上的重大難題。

可被育種專家選用的抵抗植物病害的基因種類很多，其中最重要的一類是植物抗病基因。近幾年來，植物抗病基因的克隆加深了人們對植物抗病基因的分子作用機理的認識，對抗病基因在生產上的應用起到了巨大的推動作用。利用生物信息學的方法來研究海島棉抗病基因的抗病機制及抗病基因進化，對抗病機制的研究、抗病基因的轉育及抗病基因進化的研究具有重要的意義。總體來講，前人對 R 基因的生物學研究主要基于氨基酸水平及同源序列基礎之上，對于 R 基因的一級組成的研究還未見報道，本研究對 R 基因密碼子使用模式進行初步分析，從堿基組成水平上探究 R基因特征，為抗病新基因的預測和深入研究提供一定的依據。

密碼子是蛋白質的基本單位，基因完整編碼序列中的密碼子用法是分子進化中一種重要的進化現象，從原核生物到真核生物都廣泛存在。不同物種或同一物種的不同基因對密碼子的用法特征可能有所不同，表明這些基因組或基因在進化過程中所承受的選擇壓力不同。密碼子不但反映了一些進化現象，可以探究許多基本的生物學問題，研究生物密碼子使用模式，對于分析物種進化壓力以及進一步的遺傳研究都有重要的意義。中國糧油儀器網 http://www.pc256.com/