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【本資訊由中國糧油儀器網提供】在國家863計劃支持下，我國科研人員獲得了一批農作物重要經濟性狀的分子標記，并應用于育種實踐，建立了分子標記輔助育種與常規育種相結合的技術體系，提高了定向育種的效率和水平。
   
　　（1）在水稻、小麥等主要農作物重要性狀分子標記及其在育種實踐中的應用取得突破性進展，建立了較為完善的分子標記輔助選擇育種技術體系。    
　　
　　水稻：對野生稻產量、耐冷、早熟等復雜性狀的優異基因進行了系統發掘，已經獲得與產量、芽期耐冷相關候選基因以及分子標記。利用分子標記技術有效轉移了抗白葉枯病基因Xa21，育成R218、R8006、華恢2號等抗病恢復系；通過分子標記輔助選擇，首次將稻瘟病抗性基因Pi-1、Pi-2和持久抗性基因Pi-GD-1（t）與Pi-GD-3（t），抗白葉枯病顯性基因Xa-23、 Xa-21，分別聚合到兩系光溫敏核不育系和恢復系中，育成抗稻瘟病、白葉枯病雙抗的材料，抗性水平提高3-5個等級。
   
　　小麥：對小麥體細胞雜種優質基因進行分子標記輔助育種研究，獲得了類似小麥的優質高分子量麥谷蛋白新亞基1Bx13基因的分子標記，并已用于對體細胞雜種株系及雜交和回交后代的標記輔助育種，獲得了優質、高產、抗病的新品系。獲得了小麥優質亞基和糯基因的分子標記，構建了中國小麥品質性狀數據庫，并將分子標記用于親本分類；運用RAPD、ISSR、AFLP和SSR等分子標記技術構建了小麥品種間和種間（亞種間）雜種優勢群，建立了小麥雜種優勢利用新模式。
    
　　玉米：完成了對我國90份核心玉米種質和250個國內常用自交系的分子標記指紋圖譜分析，建立了干旱脅迫下抗旱、耐瘠群體改良技術體系；創建了利用控制雙親的混合選擇法改良優質蛋白玉米群體的方法。
    
　　油菜：采用分子標記輔助選擇技術對油菜抗菌核病、大粒、高含油量等重要性狀進行DNA分子標記，并利用與上述性狀緊密連鎖的DNA分子標記進行抗病、高產、高含油量等性狀的輔助選擇，獲得了雙低特高含油量、高蛋白含量的高效油菜新材料，選育出抗（耐）菌核病恢復系7-5、RSH5900等以及顯性細胞核雄性不育系1481AB等。
    
　　棉花：構建了陸陸雜交分子標記圖譜，標記出與抗棉花黃萎病緊密連鎖的QTLs；找到與纖維長度、比強度和馬克隆值緊密連鎖的QTLs；與棉花早熟性緊密連鎖的QTLs為12個，3個對早熟性的貢獻率達到30%以上，為棉花優質、多抗棉花新品種的聚合育種奠定了基礎。
   
　　（2）在果菜類和一些重要雜糧類作物中，構建了一批具有應用價值的分離群體，獲得了一批   重要經濟性狀的分子標記，并初步用于育種實踐
    
　　建立了番茄、甜椒、茄子耐冷性、耐弱光的分子標記或生理指標鑒定技術；開展了黃瓜、辣椒、茄子、番茄、甜瓜抗病（霜霉病、炭疽病、黑星病、白粉病、枯萎病、病毒病、細菌性角斑病、疫病、青枯病、葉霉病、線蟲病）、黃瓜全雌性、黃瓜性別分化、辣椒CMS不育與恢復基因、番茄高番茄紅素、雄性不育ps-2基因、甜瓜雌雄異花同株、甜椒胞質雄性不育恢復基因的等重要性狀的分子標記技術研究，構建了一批有應用價值的分離群體，獲得了一批重要性狀的分子標記或QTL；在國際上首次對黃瓜性別決定基因進行定位，構建了黃瓜歐亞生態型間的飽和永久分子圖譜和大白菜分子連鎖圖譜；利用黃瓜白粉病分子標記技術對育種材料進行抗性鑒定和篩選，選出抗白粉病單株40余個。
    
　　建立了花生抗黃曲霉侵染的AFLP分子標記，兩個AFLP標記與抗病基因間的遺傳距離分別為3.5cM和9.4cM，并用于育種材料的抗性鑒定。建立了主要麻類作物（苧麻、紅麻、亞麻）RAPD、SSR等分子標記技術，首次應用于麻類育種中。構建了谷子抗旱性、抗線蟲病、抗黑穗病、抗銹病等重要農藝性狀分子標記的分離群體和谷子標記圖譜構建的RI群體；開發了谷子的一些SSR標記，并利用AFLP、ISSR和RAPD等對這些重要農藝性狀進行分子標記。
    
　　首次發現了兩個在抗病品系中穩定出現，可作為高粱抗絲黑穗病菌3號生理小種標記應用的SSR標記：Xtxp13和Xtxp145。首次建立馬鈴薯青枯病抗性雙側翼標記輔助選擇技術，使抗病性鑒定與田間評價結果一致性達到95%以上。建立了主效QTL位點數和QTL位點數結合評價馬鈴薯晚疫病水平抗性的策略，探索了QTL的實際應用的有效途徑。