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食品采樣容器和器具是進行食品檢測中的重要器具，因此在選擇和清洗上非常嚴格，一般來說，采樣容器根據檢驗項目，選用硼硅玻璃瓶或聚乙（丙）烯塑料瓶，必須能夠用塞或蓋緊緊密封。玻璃瓶要容易洗滌；聚乙烯瓶塑料瓶不易破碎和凍壞，便于運送；所有盛樣容器必須有和樣品一致的標記。盛樣品的容器應消毒處理，但不得用消毒劑處理容器。微生物樣本容器要求耐高壓。

食品采樣容器和器具的選擇原則主要有三個方面的內容，分別是容器不能是新的污染源；容器壁不應吸收或吸附某些待測組分；容器不應與待測組分發生反應。

在食品采樣容器和器具的清洗上，也要特別注意，新的采樣瓶，應經硝酸浸泡；測有機氯農藥的玻璃瓶，則應經鉻酸清潔液浸泡，以破壞原來沾污的有機氯。在用酸浸泡之前，先用常水刷洗，盡可能預先除去原來沾污的物質。用鉻酸清潔液浸泡后必須用自來水沖洗7～10次，再用純水淋洗，盛放過高濃度某種組分的樣品瓶最好棄之不用。